摘要：本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象，并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照，对乳成分中重要的K-酪蛋白（kappacasein）编码基因cs们的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明：两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似，河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子，而沼泽型水牛共有27个；其中，两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA（RSCU≥2），河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性，而沼泽型水牛偏好使用GAC；河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1，而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现，所有物种CSN3基因均偏好使用以A／U结尾的密码子，但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上，水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明，河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近，聚为一类，然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。
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